Shinichi Kudo, seorang detektif SMA berusia 17 tahun yang biasanya
membantu polisi memecahkan kasus, diserang oleh 2 anggota sindikat misterius ketika mengawasi sebuah pemerasan. Ia kemudian diberi minum
racun misterius yang baru selesai dikembangkan untuk membunuhnya. Namun, karena
sebuah efek samping yang jarang terjadi yang tidak diketahui anggota sindikat
tersebut, racun tersebut mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti anak kecil
berusia tujuh tahun setelah mereka meninggalkannya.
Untuk menyembunyikan identitasnya dan untuk menginvestigasi
keadaan sindikat tersebut, yang selanjutnya dikenal dengan nama Organisasi
Berbaju Hitam atau Organisasi Hitam, dia menyamarkan namanya
menjadi Conan Edogawa. Untuk mencari jejak
sindikat tersebut, dia tinggal bersama dengan teman sejak kecilnya, Ran Mouri, yang ayahnya, Kogoro Mouri, merupakan seorang
detektif swasta. Dia bersekolah di SD
Teitan dan membentuk Grup Detektif Cilik dengan 3 teman sekelasnya, yaitu: Ayumi Yoshida, Mitsuhiko Tsuburaya, dan Genta Kojima. Meskipun tubuhnya
mengecil, ia tetap memecahkan kasus. Biasanya, ia menyelesaikan kasus-kasus
tersebut dengan meniru suara Kogoro Mouri dengan alat yang diciptakan oleh
tetangganya, Profesor Agasa. Kogoro Mouri, seorang detektif yang agak bodoh, awalnya
bingung pada kemampuan memecahkan kasusnya meningkat secara mendadak. Tetapi,
kemudian ia tidak heran karena ia senang karena ketenarannya yang meningkat.
Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahwa Conan adalah Shinichi, namun
karena kecerdikan Conan, maka Ran pun percaya bahwa Conan bukanlah Shinichi.
Selanjutnya dalam seri
ini, tokoh utama lainnya, Ai Haibara, muncul. Ai adalah
seorang mantan anggota Organisasi Hitam, yang memiliki nama sandi
"Sherry". Nama aslinya adalah Shiho Miyano, seorang ilmuan yang
mengembangkan racun APTX 4869 yang membuat tubuh Shinichi mengecil.Setelah kakaknya secara
kejam dibunuh oleh anggota Organisasi Hitam, ia mencoba keluar dari organisasi
itu, namun ia ditangkap. Dia mencoba bunuh diri
dengan menelan pil APTX 4869, namun ternyata tubuhnya mengecil, dan dia
berhasil kabur dari organisasi tersebut. Dia kemudian bersekolah
di SD Teitan dengan nama samaran "Ai Haibara". Dia mengetahui identitas
asli Conan dan membantunya dalam perjuangan Conan untuk menjatuhkan Organisasi
Hitam.
Kemudian, Conan terlibat
dengan Biro Investigasi Federal (FBI), dan mereka
berhasil menangkap Kir, seorang anggota Organisasi Hitam. Kir kemudian diketahui
merupakan seorang agen CIA yang menyamar, dan berjanji akan memberi informasi
tentang Organisasi Hitam kepada FBI. Mereka kemudian mengembalikan Kir ke
organisasi tersebut. Kemudian, dia memberitahukan kepada FBI bahwa di
Organisasi Hitam ada seorang anggota baru dengan nama sandi Bourbon.
riiezss
